1. Gıdaların besin değerindeki değişim. Yabancı genler gıdaların besin değerini artırırken, bazı besinlerin miktarını da azaltarak değiştirebilirler.
2. Antibiyotiklere karşı direnç. Transgenik besinde bulunan antibiyotiklere direnç özelliğinin normal şartlarda insan bağırsağında bulunan mikroorganizmalara marker genler aracılığıyla aktarılması, önemli sağlık sorunlarına neden olacağından oldukça önemlidir.
3. Genetik modifiye gıdaların oluşturduğu allerjik reaksiyonlar. Genetik modifiye gıdalarda alerjik sorunların oluşması veya artmasından şüphelenilmektedir. Bu konuda hem alıcı hem de verici organizmalarda allerjik potansiyele dikkat edilmesi gerektiği önerilmektedir.
4. Dinsel, kültürel ve ahlâki sorunlar. Genetik modifiye olan ve olmayan gıdalar birbirlerinden ayırt edilemeyecek kadar benzerdirler. fiayet etiket bilgileri üzerinde belirtilmemiş ise tüketicinin seçme şansı bulunmamaktadır. Örneğin, Yahudi ve Müslümanlar domuz geni içeren bir genetik modifiye gıdayı tüketmek istemezler. Benzer şekilde vejeteryanlar da hayvan geni ihtiva eden sebze ve meyvelere karşıdırlar. Ayrıca, insan geni içeren bir gıda maddesini bilmeden tüketmek de insanları kaygılandırmaktadır.
5. Etiketsizlikle ilgili sorunlar. Etiketleme, genetik modifiye gıdaların tüketici tarafından bilinçsiz bir şekilde kullanılmasını engelleyecek önemli bir konudur. 15 Mayıs 1997’de Avrupa Birliği Yeni Besin Düzenlemeleri genetik modifiye gıdaların veya genetik modifiye organizmalar tarafından üretilen besinlerin bilimsel bir temelde varolan bir besine büyük eşdeğerlilik taşımıyorsa etiketlenmesini zorunlu hale getirmiştir.
6. Organik tarım üzerindeki olumsuz etkisi. Daha zahmetli ve verimin daha az olduğu organik tarım ürünleri ile genetik modifiye gıdaların karıştırılması da önemli bir konudur. Organik gıdalar, toksik kimyasallar kullanılmaksızın, ilaçsız, pestisitsiz, herbisitsiz, hormonsuz ve genetik olarak hiçbir müdahaleye maruz kalmaksızın doğal olarak üretilerek elde edilen ürünlerdir. Organik ürünler, komşu çiftliklerdeki genetik modifiye ürünlerle tozlaşma veya yabani otlarla bağlantı kurarak herbisitlere dirençli bitkilerin yetiştirilmesi sürecinde kontamine olması gibi bir sorunla karşı karşıyadır.
7. Dış çaprazlama. Genlerin genetik modifiye bitkilerden, doğadaki herhangi bir ekine veya ilişkili türlerine taşınması (dış- çaprazlama), genetik modifiye ürünler için kullanılan tohumlarla sıradan bitki tohumlarının karışması bakımından son derece sakıncalıdır. Pek çok ülke, bu karışmayı önlemek için stratejiler geliştirmekte ve normal tahılların yetiştiği tarlalar ile genetik modifiye tahılların yetiştiği tarlaları belirgin bir şekilde ayırmaktadır.
8. Sosyoekonomik kuşkular. Sosyoekonomik kuşkulardan biri, tohumların filizlenmesini önleyen ve yok edici genler olarak adlandırılan genlerin yanlış kullanılmasıyla ilgilidir.
