Güvenli ve sağlıklı bir üretim için çevre ve çalışanların temiz ve sağlıklı olmasının yanısıra, işletmelerde sistemik temizlik ve dezenfeksiyon işlemlerinin uygulanmasının da kaliteli bir üretim için etkili faktörlerden olduğu belirtilmiştir. İşletmelerde farklı yüzeylerde bulunabilen mikroorganizmalar, eğer sadece su vasıtasıyla yapılan temizlikle uzaklaştırılmaya çalışılırsa, bu uygulamanın yeterli olmayacağı bildirilmektedir. Yapılan bu işlem mikroorganizmaların daha geniş alanlara yayılmasına, sonraki üretimde sağlık ve ciddi üretim sorunlarına neden olabilmektedir. Bu nedenle yardımcı kimyasal maddelerle temizliği destekleyici uygulamalar yapılmalı ve bunuda mutlaka uygun bir dezenfeksiyon işlemi izlemelidir.
Bir işletmede temizlik işleminin başarılı bir şekilde gerçekleştirilebilmesi açısından yapılan temizliğin periyodu ve uygulama tekniğinin büyük önem taşıdığı bildirilmiştir. Temizlik periyodu, işletme ve ürünün özelliklerine göre değişebilmekle birlikte, gıda üretimi yapan herhangi bir işletmede günde en az bir kere genel temizliğin yapılması gerektiği vurgulanmaktadır.
Bir temizleme işlemi özel gereksinimler doğrultusunda değişmekle birlikte; bu işlemin aşağıda sıralanan temel basamaklardan oluştuğu bildirilmiştir.
1. Ürün kalıntılarının tümünü uzaklaştırmak için mekanik ön temizleme.
2. Kirlerin büyük bölümünü uzaklaştırmak için su ile ön durulama.
3. Deterjan çözeltileri ile temizlik uygulaması.
4. Çoğunlukla, bir kemo-termik uygulama ile dezenfeksiyon (Genellikle temizlik işleminde ikisi bir arada uygulanabilmektedir).
5. Kimyasalları uzaklaştırmak için içme suyu kalitesinde temiz su ile bir veya daha fazla sayıda durulama işlemi.
6. Alet ve ekipmanların yüzeyinden suyun süzülmesi.
Temizlik öncesi yapılan ön hazırlık işlemleri, işletmedeki bütün parçaların sökülüp temizliğe hazırlanması ve temizlik çözeltisinin amaca uygun olacak şekilde hazırlanıp, kullanılacak hale getirilmesi aşamalarını içermektedir.
Genel olarak temizlik aşaması, değişik kimyasalların ilave edildiği farklı sıcaklıklardaki su ile yıkama ve bunu takiben gerçekleştirilen basınçlı temiz su yardımı ile durulama şeklinde veya ortamda bulunan malzeme ve kirin yapısına da bağlı olarak tek başına tazyikli su uygulamaları tarzında gerçekleştirilebileceği bildirilmiştir. Çünkü iyi bir dezenfeksiyon işleminin gerçekleşmesi için daha önceden iyi bir temizlik işleminin gerçekleştirilmiş olması gerekir.
Kaba temizlik, yüzeyde bulunan kir ve benzeri maddelerin mekanik olarak o yüzeyden uzaklaştırılması işlemlerini kapsamaktadır. Su, tek başına bir temizlik maddesi olmasının yanında deterjan ve dezenfektanların çözündürüldüğü bir ortam olması açısından da önem taşımaktadır ki, bu öneminden dolayı temizlikte kullanılan suyun en basit ifade ile içme suyu kalitesinde olması gerektiği belirtilmektedir. Yalnız başına su uygulamalarının yetersiz olduğu durumlarda başvurulan temizlik maddelerinin kirleri çözme, gevşetme, emülsiyon haline getirme ve kir parçalarını uzaklaştırma gibi görevleri vardır.
Deterjanın kelime anlamı kir sökücüdür. Temizlik işlemlerinde kir sökücü özelliğinden dolayı kullanılan, içinde yardımcı kimyasal maddeler de bulunduran karışıma deterjan denilmektedir. Temizlik işleminde kullanılan deterjan maddelerinin alkaliler, kostik soda, trisodyum fosfat, kompleks fosfatlar, sodyumtetrafosfat, sodyumtripolifosfat, tetrasodyumpirofosfat, organik bileşikler, şelatör maddeler, ıslatıcı maddeler, organik asitler ve mineral maddeler olarak sınıflandırıldığı belirtilmiştir. Deterjan maddelerinin, emülsiyonlama, sabunlaşma, ıslatma, dağılma, süspansiyon oluşturma, mineral birikiminin kontrolü, durulama yeteneği, korozif ve toksik olmaması gibi özelliklerinin bulunması gerekmektedir.